Хм... не понимаю, как связаны шрифты и перекомпиляция...
Скорее всего, у тебя были правки в коде.
Скорее всего, ты копировал слои из других конфигураций.
Скорее всего причина выпадения в том, что индексы приложения не совпадают с самим приложением.
1. Нужно удалить все индексы приложения. Вот бат-файл
http://www.mazzy.ru/axapta/hints/demo/axidx.bat
2. Зайти в Аксапту - она обновит индексы.
3. Перекомпилировать