Ну, с чисто технологической точки зрения, думается мне, все будет ОК. Просто выключенная аналитика не будет заполнена для всех остатков.
А вот с бизнес-точки зрения, думаю, некорректно. Поди потом определи, какова ситуация на самом деле.
К примеру, отключили вы аналитику Ячейка, и ввели 100 тыс. номенклатуры на какой-то склад - причем его реально разместили в определенные ячейки. И как потом определить, где лежит какой товар? Инвентаризацию делать?
Хотя, возможно, с другой аналитикой другие размышления.
Правда, я тоже не консультант (мягко говоря), поэтому возможно все что я написал выше - бред
А вообще чем лучше отлючить ее для ввода остатков? Меньше строк создавать?