В большинстве случаев в коде индекс упомянут и не должен быть, а значит и перекрестными ссылками он не найдется. SQL Server сам решает, какой из индексов надо использовать.
Статистику использования индексов можно посмотреть во вьюшке sys.dm_db_index_usage_stats. Отсюда можно определить и выключить реально неиспользуемые индексы.
http://technet.microsoft.com/en-us/l.../ms188755.aspx
Еще есть полезная вьюшка sys.dm_db_index_operational_stats.
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/ms174281.aspx
О различиях между ними тут:
http://blogs.msdn.com/b/craigfr/arch...nal-stats.aspx