Еще обратил внимание что в методе Classes\BatchRun\serverProcessDependencies для таблиц
установлен уровень изоляции readCommittedLock
X++:
constraintsOr.readCommittedLock(true);
batchDependsOr.readCommittedLock(true);
constraintsAnd.readCommittedLock(true);
batchDependsAnd.readCommittedLock(true);
В АХ2009 его не было и не было соответствующих проблем.