Новые сообщения отслеживаются форумом только между Вашими посещениями форума. То есть, если Вы прочитаете все то, что выдал Вам поиск в результате запроса новых сообщений, темы все равно будут болтаться у Вас в новых до тех пор, пока вы не выйдете и не зайдете обратно.
Не знаю, как Вам, а мне это совсем не нравится.
В общем, есть один выход. В форме поиска новых сообщений есть ссылка "Пометить все сообщения прочитанными..." Так вот, если ее нажать, то все сообщения, которые были новыми, станут старыми и не будут выдаваться в результате поиска новых сообщений.