[sukhanchik]

Причина - проста как 3 копейки. Округление.
Имеем:
1. Цена
2. Сумма без НДС
3. Сумма НДС
4. Сумма с НДС
5. Общая сумма по накладной.

Налоговики в общей своей массе требуют, чтобы соблюдалась формула для каждой строчки:
Цена * Кол-во = Сумма без НДС
ОКРУГЛ(Сумма без НДС * 0,18;2) = Сумма НДС
Сумма с НДС = СУмма без НДС + Сумма НДС

Общая сумма = Сумма всех строк сумм с НДС

При этом, цены, вообще говоря - не всегда задаются пользователями без НДС.
Т.о. по-любом происходит как минимум один раз потеря точности, что выливается в несоответствии на копейку в какой-нибудь сумме (например, Сумма НДС не равна ОКРУГЛ(Сумма без НДС * 0,18;2) или общая сумма не равна сумме строк построчно.
Каждая организация по своему решает проблемы с копейками (т.к. есть еще клиенты - которым могут не нравиться документы). Разработчики Аксапты пожертвовали ценой (т.е. последовали рекомендациям фискальных органов). Отсюда и копейки.

Есть еще нюанс. Если вы продаете товар, который предварительно сами растаможивали - то у вас есть ГТД (актуально, если ГТД является складской аналитикой).
В накладной - ГТД нет, а в счет-фактуре есть. Соответственно, в счет-фактуре происходит "дробление" сумм пропорционально количеству (если продается к примеру 2 позиции с разными ГТД). Дробление естественно не лучшим образом влияет на точность и поэтому лишние копейки тоже куда-нибудь "засовываются".

Соответственно - вам нужно принять решение - либо согласиться со штатным решением округления, либо придумать и реализовать свой (со всеми вытекающими).