Нужно отделить мух от котлет.
Есть бизнес-процесс MDM и его функции. Централизация, контроль и всё такое.
Есть реализация в системе Dynamics AX 2012 R3.
Подход с виртуальными компаниями - это же не бизнес-требования, а попытка технической реализации. Для предыдущих версий это нормальный подход, можно было почти без программирования так делать.
В 2012 это не очень подход - и виртуальные компании уже "не best practice", и реализация многих стандартных функций сделана так, что без виртуальных компаний часть данных общая. В итоге, из-за вашей текущей реализации вам придется много чего допиливать, много тестировать, причем не только "в лоб" сам справочник - а всю логистическую цепочку. И вариативность этой работы очень большая - зависит от всего объема функций системы, которыми вы пользуетесь.
Соответственно рекомендации руководству могут быть только в режиме "риски такие-то" и "примерный бюджет на доделку такой-то". И это реально будут большие цифры. Если есть деньги - ну в путь, многие вон жалуются, что работы меньше стало