Serg, возможен и другой вариант - основная деятельность ведётся в Dynamics AX, в 1С просто выгружается та информация, которая нужна бухгалтерии для формирования отчётности. В этом случае и волки сыты, и овцы целы, и пастуху вечная память.
Управленческий учёт отражает основную деятельность предприятия и даёт реальную картину, поэтому там как раз жёсткий контроль ошибок и доверие, а бухгалтерия счастлива в 1С, и может строить отчётность так, как сочтёт нужным.
В общем, ещё раз скажу: выбор того или иного варианта не зависит от системы, а зависит исключительно от особенностей предприятия.