Метки загружаются благополучно и без просмотра состава проекта.
Другое дело, что нужно обязательно анализировать метки на предмет того, какое действие предлагает система по конкретной метке. Там есть замечательное свойство, которое предлагает вместо вашей метки использовать подходящую метку с другого меточного файла. Даже зная эту особенность временами забываешь и получаешь сюрпризы.
Для сокращения меток в файле попробуйте указывать только нужные вам языки + маленько подпилить экспорт меток, если работаете только с одним слоем.
Для допилки достаточно в \Classes\SysImportLabel\label2Xml(), в самом начале, вставить код вида:
X++:
if (substr(_labelId,1,4) != "@ХХХ") { return ""; }