В AX 2012 Runbase был действительно объявлен устаревшим:
https://docs.microsoft.com/en-us/dyn...base-framework
Однако в D365FO его исключили из "санкционного списка":
https://docs.microsoft.com/en-us/dyn...eprecated-apis
И даже наоборот, появилась статья, как расширять наследников RunBase:
https://docs.microsoft.com/en-us/dyn...-runbase-class
Так что он не только не убран, но и "в расцвете сил". По большому счету в него добавили то, чем был силен SysOperation - а именно запуском в отдельной сессии исполнения бизнес-логики (вспоминаем, как отдельно, не вешая клиента, грузятся SSRS-отчеты в АХ2012). Т.о. теперь в методе main мы вызываем не метод run(), а метод runOperation(), который в свою очередь запускает метод run() либо в отдельной сессии (поведение по умолчанию), либо, если перекрыт метод canRunInNewSession(), который возвращает false - то тогда запускает метод run() в той же сессии.