Я в итоге использовал такой джоб, на двух инсталляциях срабатывало с первой попытки.
X++:
// IF 15.02.2013 KCAI_RMM
static void RMM_NumberSeqInit(Args _args)
{
NumberSeqModuleRMM numberSeqModuleRMM = new NumberSeqModuleRMM(); // это класс обслуживающий ваш новый модуль
NumberSeqGlobal numberSeqGlobal = appl.numberSeqGlobal();
;
numberSeqModuleRMM.load();
SysGlobalObjectCache::clearAllCaches();
numberSeqGlobal.buildModulesMap();
}