Как вариант:
1) использовать allocation (распределение по-русски?) на обоих целевых бухгалтерских счетах
2) включить "физические проводки". Они будут создаваться, правда, не только в производстве, но и в заказе на продажу.
Насчет дополнительных складских проводок: вы получаете друга в лице бухгалтера и врага в производственном цехе. Кто вам ближе?