при программном создании query связи автоматически не создаются.
в отчетах и формах надо указать галочку, что автоматически создавать связи можно, тогда для отчетов и форм, Аксапта создаст связь автоматом. Если объекты создаются из AOT, то там эту галочку разработчик должен указать в свойствах.
Почему dinalink копируется, а не пересоздается?
Потому что в исходном запросе динасвязи могли быть подредактированы программистом.