Цитата:
мне кажется логично использовать префикс компании (клиента) в своих костомизациях
Мне этот подход не очень нравится, ибо система контроля версий рулит, но этого часто требует заказчик. Префикс, как идентификатор разработчика, теряет свой смысл как только с объектом поработало несколько разработчиков (компаний).