Для истории: есть KB 3216955 KB 3216955, Bug Id 3804879 "Continuous dead locks in batch" для AX 2012 R2, где реализован целый ряд исправлений в классе BatchRun. Они сводятся к тому, чтобы при обновлении таблиц пакетной инфраструктуры вместо оптимистичной конкуренции использовать mutex на уровне СУБД, управляемый с помощью класса ReqReaderWriterLock. Такой подход позволяет надежно синхронизировать различные потоки пакетных обработчиков, в том числе выполняющиеся на разных пакетных серверах. См. также
соотв. изменения в коде.