Насколько я могу судить из
описания DisableProcessWindowsGhosting(), она выставляет некий флаг, действующий впоследствии на все окна вызывающего процесса. Все рабочие области создаются в рамках одного процесса ax32.exe, поэтому должно быть достаточно вызвать функцию один раз при запуске клиента.