Спасибо всем.
База рабочая - то есть в ней работают и особых проблем не возникает (трехзвенка, тонкий клиент).
Прояснилась ситуация с тем, как образовались разные владельцы объектов.
При перенесении БД с одного сервера на другой был создан пользователь БД bmssa с правами db_owner, под которым и входила Аксапта в БД.
Соответственно при создании объектов или синхронизации, владельцем становился bmssa.
Поменять владельцев объектов удалось с помощью скрипта, изложенного на
http://www.axforum.info/forums/showt...395#post114395 или
http://www.axforum.info/forums/showt...invalid+object. После этого был удален из пользователей БД bmssa, а владельцем БД был назначен bmssa.