Для справки:
Каждый слой лежит в файле с именем Ax<слой>.aod. К ним еще строятся индексные файлы, но их всегда лучше удалять (файлом axidx.bat) после таких ручных правок
Вся россиийская функциональность лежит на слое DIS (файл AxDIS.aod). Может, еще быть на DIP, но обычно этот слой пуст. Файлы, правда, с этого слоя есть.
Все ваши доработки (если они есть), лежат на USR и USP (могут еще на CUS и CUP).
Итак. Вы хотите оставить только международную версию? Нет проблем.
1. Удаляете из каталога все файлы axdis*.*, axdip*.*, axusr*.*, axusp*.*, axcus*.*, axcup*.*
2. Удаляете индексные файлы, запустив пакетный файл axidx.bat
3. Запускаете Аксапту и производите синхронизацию.
А вот можно ли поверх международного SP2 и MarketPack поставить российскую функциональность, ответить не смогу. Скорее, это хозяйство будет несовместимо в каких-то местах. Но попробовать можно, почему бы и нет.