В четверке можно было выбрать параметр "Отборочная накладная" и указать явно документ для обработки - отборочную накладную.
В 2009 появилась функциональность сравнения фактической накладной с закупкой / отборочной накладной, а также более удобный выбор отборочных накладных (через кнопку выбора), в том числе при разноске "Немедленное получение".
Про новую функциональность можно еще в хелпе почитать по ссылке
ms-its:C:\Program Files\Microsoft Dynamics AX\50\Client\Bin\help\RU\AxInfoWk.CHM::/html/eead4cc7-9836-4324-8a91-3d14945925de.htm (если ставили в папку по умолчанию).