А проводки по этим позициям есть? Если нет, то так быстрее будет. Еще можно на SQL запросе - еще быстрее получится.
X++:
ttsbegin;
inventTable.skipDatabaseLog(true);
inventTable.skipDataMethods(true);
inventTable.skipDeleteActions(true);
delete_from inventTable
notexists join inventTrans
where inventTable.ItemId == inventTrans.ItemId;
ttscommit;