[ximik33rus]

Для тех, кто набрел на эту тему в поисках ответа:

Наша команда остановилась на варианте: ILRepack
Используем его успешно продолжительное время. Создали шаблоны в VS с нужным набором библиотек и бед не знаем.

https://github.com/ravibpatel/ILRepack.Lib.MSBuild.Task

Решение хорошее, от себя лишь добавлю - что для включения возможности отладки таких плагинов необходимо в таргет-файле прописать DebugInfo = "true"

Пример нашего таргета:

ILRepack.targets

<?xml version="1.0" encoding="utf-8" ?>
<Project xmlns="http://schemas.microsoft.com/developer/msbuild/2003">
<Target  Name = "AfterBuild" Condition = "'$(Configuration)' == 'Debug'" >
 
 <ItemGroup>
      <InputAssemblies Include="$(OutputPath)\$(AssemblyName).dll"/> 
	  <InputAssemblies Include="$(OutputPath)\Newtonsoft.Json.dll"/>
</ItemGroup>

<ILRepack 
	Parallel="true" 
	InputAssemblies="@(InputAssemblies)"
	LibraryPath="$(OutputPath)" 
	KeyFile="$(AssemblyOriginatorKeyFile)"
	TargetKind = "Dll"			  
	OutputFile="$(OutputPath)\$(AssemblyName).dll"
	DebugInfo = "true"

/>
</Target>
</Project>