Существует системная таблица VirtualDataAreaList, которая содержит пары соответствия виртуальных и реальных компаний. Ее и можно использовать в запросах примерно таким образом.
tab1 - не виртуализирована
tab2 - виртуализирована
X++:
select *
from tab1
inner join tab2 on tab1.ID = tab2.ID --
--
and (tab1.dataAreaId = tab2.dataAreaId
or exists(select 1 from VirtualDataAreaList vdal
where vdal.virtualDataArea = tab2.dataAreaId
and vdal.id = tab1.dataAreaId))
Нужно двойное условие сравнения кода компании, поскольку таблица может быть виртуализирована лишь по части компаний, а не по всем.