Цитата:
Уже запутался с настройками...
Вы конфигуратор пытаетесь настроить или Спецификацию с маршрутом?
Цитата:
Настройку вынести отдельной операцией?
Зависит от того, будут ли использоваться задания. В настройках операции можно указать время настройки. Отдельно в операцию можно вынести. Также зависит от сущности этой операции - использовании особенных инструментов, ресурсов, оборудования и т.д.
Обычно настройку маршрутов проще начинать один к одному с технологической картой процесса.