Локализация есть.
Вопрос в том как и когда вы определяете сумму невозмещаемого ндс.
Как вариант:
При обработке входящего ндс невозмещаемую сумму относите на счет гк, настраиваете накладной расход по закупке с счетом кредитования на это счет ГК и потом делаете распределение суммы невозмещенного ндс через накладные расходы по накладной поставщика.
__________________
|