[Maxim Gorbunov]

Сразу оговорюсь, что могу ошибаться, поэтому дальнейшее прошу рассматривать только как идею.

В таблице InventTransPosting хранится связь складских проводок с бухгалтерскими. В InventTrans храняться все проводки. Таким образом, в первом случае Вы подсчитываете реальное (физическое) количество остатков, а во втором Вы учитываете только количество проведенное по бухгалтерии. Посмотрите на таблицу InventSum обратите внимание на колонки Received (Получено) и Deducted (Отпущено). Именно на эти значения будут отличаться остатки, подсчитанные первым и вторым способом.

Во втором случае Вы выбираете некоторое подмножество записей, выбираемых в первом. Из этого, в принципе, можно заключить, что второй работает быстрее, но если учесть специфику индексированных запросов, то это может оказаться и не так. В принципе, проанализировать не сложно, а если не охота делать это теоритически, вставьте таймеры в код (кстати, такой метод оценки производительности использовался и разработчиками Axapta: посмотрите, например, комментарии в методе updateData класса ReqCalculation).