Все зависит от того, насколько важна безопасность и легкость настройки по сравнению с местом для хранения временем переписывания.
1. run on server и где-то в диалоге переписать файл на сервер а в качестве параметров пакетного задания уже записывать путь на сервере (следует учесть, что в 2012 вызовы с сервера на клиент запрещены и надо будет как-то это обходить)
2. Дать доступ клиенту и серверу к одной папке и хранить путь там
3. Как 1 но в SysOperation framework: UIBuilder переписывает и кладет серверный путь в контракт. Я не помню, где исполняется UI builder в 2012 но, думаю, на клиенте.
см также
копирование файловмежду уровнями