Это действительно не баг а фича
Затруднительно заранее знать что Вам понадобится, а что - нет.
Возьмите тех же пользователей:даже если человек увольняется - историю взаимоотношений с клиентом никто не отменял(он мог создавать действия и т.д.), а посему удалять действительно НЕ нужно. Аналогично, со всем остальным (группы,роли,подразделения).
К тому же, весь этот "мусор" много ресурсов не требует.