Когда количество комментариев в коде начинает превышать сам код или серьезно страдает "читабельность" кода, то я делаю копию метода с окончанием "_old" и в нем пишу в шапке, что это старая версия метода XXX. В шапке самого метода также пишу, что старая версия сохранена в методе XXX_old.
В результате, и история сохранена и лишние комментарии можно удалить. "... И пастуху вечная память" (с)