Все верно. Также и оплату клиента можно провести, только после отгрузки товара.
Просто есть такое понятие применные операции. Чтобы применить операцию оплаты необходимо иметь проведенные документы отгрузки либо оприходывания.
Все это сделано явно не для русских
Предложение такое: оформлять оплату в Банковских выписках, но не учитывать их сразу. Потом, когда накладная будет учтена. Можно будет оформить оплату. Это, конечно не полноценное решение, но что делать?
Можно все это решить программными средствами Navision либо внешнего приложения.