Наиболее безболезненно мне кажется создать новое понятие "Мастер-накладная", которая будет равна "твердой копии" и состоять из нескольких обычных. При разноске накладной необходимо сделать ее формирование и разноску нужного кол-ва обычных накладных, сгруппированных по профилю разноски, проставленному в строках. Сформировать одну фактуру по "Мастер-накладной" не проблема. Кажется это не должно привести к серьезным доработкам. Дополнительно можно попробовать объединить и старые накладные.
PS. При варианте "развала" проводки по поставщику нужно много думать
