[Гуревич Денис]

Распространенная практика - замерживать вспомогательные библиотеки в библиотеку с плагинами с помощью ILMerge.
Если с этим не хочется связываться, то NLog можно разместить в GAC'е или (что хуже, но тоже работает) в папке Bin самого CRM, т.е в C:\Program Files\Microsoft Dynamics CRM\CRMWeb\bin