Из моего опыта, все-таки условия поставки фиксируются в заказе на покупку. А счет на оплату нужен для ... та-дам! оплаты поставщику
И тут могут быть варианты. Например, разносим счет и к нему прикрепляем скан-копию оригинального счета - для правильного ведения документооборота. Или на основании счета делаем оплату (нет в стандарте, нужно допиливать). В т.ч. счет на оплату по разным причинам может не совпадать по сумме с накладной. Бывает совсем экзотика - бухгалтерия привыкла, что обязан быть счет, вот и требуют в Аксе, а зачем - "это не ко мне вопрос, вы хотите проблем с налоговой?"