" которые не были созданны в момент разноски InventTrans из-за нулевой себестоимости."
Данная проблема вообще не требует что либо создавать.
Все делается штатными средствами: пересчет склада повторно, редактирование кодов аналитик, сторно и правильные проводки.
Т.е. не нужно топором постукивать по телевизору, если он плохо кажет - можно и не расчитать
(у него пульт есть, а в нем настройки программ)