А почему бы не использовать следующий подход:
- Перенос делаем обычным образом.
- Транспортные расходы отражаем на отдельном счете учета номенклатур без привязки к конкретным номенклатурам (типа 10.90.ОтклоненияСкладПроизводства) в нужной корреспонденции (60, 76, 70 и т.п.).
- В конце месяца рассчитываем какую сумму с этого нужно списать на материалы, ушедшие в производство. В качестве примера можно взять ещё советскую инструкцию распределения транспортных затрат на реализованную продукцию.
- Полученную сумму стандартной функцией коррекции складских проводок распределить на ГОТОВУЮ продукцию.
В результате, хотя конкретные номенклатуры на производственном складе хранятся в первоначальной себестоимости, но в финотчетности можем объединять цифры.
PS: естественно, если эта операция частая, можно написать несложный интерфейс для расчета суммы распределения и выбора ГП, на которую относить отклонения.