[mazzy]

столкнулся с аналогичным случаем на проекте.
уж не знаю насколько прав Palle Agermarks в своей статье.
насколько я понимаю, все сложнее и проще одновременно.

в ax2012 генерацию перекрестных ссылок сделали пакетным заданием.
см. xRefUpdateIL::updateAllXref()

что с одной стороны, правильно.
с другой стороны - предупреждать надо.

соответственно, чтобы перекрестные ссылки строились, вам нужно разрешить выполнение пакетного сервера на правильном АОСе и разобраться с задачами в статусе execution

АОС часто не включен, если вы перетаскиваете базу из рабочей в тест или в прод
АОС часто странно настроен, если вы берете за основу демобазу
в демобазе в задачах вааще караул - какие-то задания и задачи зависли, какие-то странные тестовые.

В общем, чтобы получить перекрестные ссылки в ax2012 нужно разгрести пакетные задания и запустить пакетный сервер.