Дело в том, что цель моего примера была в том, чтобы вы задумались, что в случае использования функциональности "виртуальные компании" основной вес приходится именно на методологическую и организационную проработку решения. С точки зрения программирования здесь как раз всё понятно.
Важно организовать работу подразделений и пользователей таким образом, чтобы они на идеологическом уровне работали по единым стандартам и подходам. Но это совсем не значит, что они должы повторять друг друга.
Пример с планом счетов означает, что с обеих сторон должна быть проработана учётная политика и процедура внесения изменений в план счетов.
Напротив, всё очень даже хорошо! Система отработала так как ей положено, а вы увидели задачу, над которой нужно поразмыслить!