Хм.... напрашиваются сразу 2 версии:
1. Табличка AccessRightsList. Все хранится по ID-шникам. Если ID-шники изменились после импорта - то пиши пропало. Но вероятность этого низка - т.к. изменить ID элемента в АОТ просто так - не просто (ну кроме как опускания в слой). Извратиться конечно можно - но причина скорее всего не в этом
2. Таблички SysSecurity*. Если настройка прав идет по контролам формы (в правах доступа через главное меню и т.д., не через Контроль доступа) - то права хранятся-то привязанные к ID-шникам контролов на форме..... А вот тут-то вы и попали... Добавляется новый контрол, у старого (на который настроены права) - ID-шник слетает.... ну соотв права тоже
МОРАЛЬ: права доступа к элементам, которые выделены жирным шрифтом, даже несмотря на то что к ним отсутствует доступ - желательно не менять. Ибо потом форму недоработаешь....
Или же писать утилиту экспорта/импорта прав, работающую по именам контролов
... Опять-таки - отход от стандартной функциональности