Грустно.
Еще же в ax3-2009 подобные проблемы были.
Оптимизация класса Tax
В 2012-й движок полностью поменялся, а те же грабли остались
По идее, можно ведь было создать простейший тест "Накладная по заказу / закупке из 1000 строк должна разноситься не более чем за X секунд / минут / часов / суток". И если он не выполняется то считать что ошибка. Время обработки это такой же критичной параметр как и корректность работы функционала.