[dech]

В АХ 4.0 тот же код, что и в 3.0. Не думаю, что это баг. Тем более, что и в 5 версии то же самое, и никто ничего не исправил. 2012 очень сильно нормализована, поэтому там достаточно ссылки лишь на InventTransId.
Мне кажется, у вас не заполнен VendInvoiceTrans.PurchId, либо заполнен чем-то другим, раз уж метод у вас возвращает что-то не то.