Спасибо! Значит это была ошибка. Исправлю у себя.
X++:
select firstonly purchLine
where purchLine.InventTransId == _inventTransId
&& !purchLine.IsDeleted;
Смотрю в ax2012 отказались от удаления и завели флаги? Хорошее решение, предотвращает образования дыр в кучах и индексах.