Мне кажеться тут 2 проблемы:
1) Не собраный CIL на batch АОСе, если их больше 1 и все они обрабатывают одну и туже группу то рандомно пакет выполняется на нем и падает.
2) 2 пакета обрабатывают одни и теже строки, тут можно все завернуть в try catch retry или использовать pessimistic lock и readpast
https://blogs.msdn.microsoft.com/axp...n-ax-part-iii/