Забыл! Добавляю ВАЖНОЕ

Если соберетесь удалять товарные операции - надо будет еще и таблицу товарных сопоставлений чистить. В общем, товарные операции в самом деле лучше не удалять. Только если в самом деле КРАЙ.
Если ошибки с непривязкой строк кредит-нот не носят массового характера, а относятся лишь к отдельным документам - то можно, мне кажется, исправлять их путем удаления операций стоимости у расходной операции, ручного изменения в ней "Даты переоценки" на очень большую дату (скажем, 30 лет вперед) и стандартной переоценкой товарной операции прихода в ноль в корреспонденции с промежуточным счетом покупки. Вроде должно помочь. Но предупреждаю, что с Навижном я уже год не работаю, и могу что-то упустить. Пользуйтесь советами на Ваш риск; и лучше попробовать сначала на какой-нибудь тестовой базе: проделать всё это и запустить коррекцию себестоимости, которая, как весна, покажет, кто где ...