Возможно проще учет вести в отдельных фирмах, а учтенные операции из обеих сводить в третью фирму (консолидатор).
Касаемо реализации:
Вариант 1. Сделать книги операций общими для всех фирм.
Вариант 2. При учете в одной фирме перегонять записи в книгах в соседнюю фирму.
Вариант 3 (консолидация). Разделить операции по диапазонам. Ввести диапазон операций для фирмы (0..20 000 000, 20 000 2001.. 40 000 000). И при учете присваивать очередной номер из диапазона. Далее периодическим заданием переносить учтенные операции в фирму-консолидатор.
Вариант 4 (пойти другим путем). Организовать учет 2 юр. лиц в одной фирме, разделив по измерениям.
.
Последствия:
Вариант 1. Непредсказуемо. Зависит от того будут ли дублироваться клиенты, поставщики, товары ... etc. Возможно слетят применения товарных операций, бухи будут применять платежи одного юр. лица к счетам другого. Могут возникнут проблемы вроде Клиент Бла-Бла не существует (книга операций общая, справочники разделены по фирмам)
Вариант 2. Аналогично варианту 1.
Вариант 3. Жду критики
.