В AX 2009 SP1, кажется, начиная с RU5 локализаторами реализован функционал профилей учета, как раз предназначенный в т.ч. для торговли по комиссионной схеме, без всяких там InterCompany. См. также
(Россия) Настройка профиля запасов - это по 12-ке, но функционал тянется с 2009-й версии.