Галка "Перенос" разрешает/запрещает менять аналитику в строке журнала "Перенос", по идее на заказы на перемещение не должна влиять.
Проблема описанная авторов, насколько помню, всегда существовала - по набору складских аналитик по строке заказа на перемещение нельзя принять больше, чем было отгружено.
Возможно, немного не по теме, но думаю это тоже как-то связано с существующим в системе ограничением - параметр "Перепоставка" (процент перепоставки по строке) в заказах на перемещение также работает весьма своеобразно, и, по-сути разрешает только перепоставку при отгрузке по строке заказа, а при получении все-равно не получится принять больше, чем отгружено.
upd: была похожая тема когда-то уже, где специалист из Microsoft внес ясность - нельзя так просто взять и изменить складскую аналитику при получении по заказу на перемещение :-):
Изменение владельца в заказе на перемещение