[Артем Enot Грунин]

Давайте я поясню подробно. Существует несколько сценариев обновления с CRM 4.0 на 2011. Основные два - это установить 2011 поверх 4.0 (может быть рискованно, если потребуется откатиться) и поставить 2011 на отдельных серверах, после чего импортировать базу от 4.0 в среду 2011.
В версии 4.0 средство импорта в Deployment Magager использовалось только для импорта существующей базы CRM 4.0 (именно БАЗЫ, а не данных) в текущее развертывание. Этот процесс подразумевал мапинг пользователей текущего развертывания и пользователями в базе, после чего происходило, фактически, повторное создание учетных записей пользователей в системе и переназначение всех записей в базе.
В версии 2011 средство импорта в Deployment Magager обогатили еще и возможностью обновить базу данных 4.0 (и 2011) до последней версии (со всеми установленными обновлениями). При этом структура базы изменилась кардинально. В основном это связано с масштабными изменениями в метаданных объектов (подключения, кастомные типы действий, пр.), модели безопасности (группы с назначенными ролями) и принципов разработки (появились "решения"). Мигрировать, или обновлять что либо средствами SQL считаю категорически рискованной задачей.