Во-первых, есть большая разница между коррекцией и исправлением. В вашем случае нет основания для регистрации коррекции (она происходит только при предоставлении поставщиком корректирующего счета-фактуры), поэтому необходимо регистрировать исправление.
С точки зрения закона это выглядит, как в дополнительном листе к книге покупок за исправляемый налоговый период отгрузки аннулируется (регистрируется с отрицательными значениями) счет-фактура. Исправленный экземпляр регистрируется в книге покупок по мере возникновения права на налоговый вычет. Момент возникновения права на налоговый вычет - спорный, должен быть выяснен у бухгалтеров. Но это либо дата исходного СФ, либо дата текущего периода.
С точки зрения АХ2009:
1. Регистрируете исправленный счет-фактуру (указываете на форме "тип коррекции" - исправление, "ссылка" - исходный счет-фактуру). Обрабатываете входящий НДС (68-19), сторнируете проводку по списанию НДС за счет компании (91-19).
2. Регистрируете правильный СФ, обрабатываете входящий НДС с тем распределением, которое вам необходимо в том периоде, который вам укажут бухгалтера.
Также рекомендую установить хот-фикс к выпущенному постановлению 1137, подробнее тут:
Корректировочный счет-фактура (ФЗ от 19.07.2011 N 245-ФЗ )