1. Для борьбы с производительностью лучше всего, на мой взгляд, отловить запросы для которых поле компании впереди тормозит работу и разместить его в индексе(ах) на нужное место, АХ 2009 это позволяет.
2. Менее жестким подходом, чем полное отключение разделения по компания может служить перенос поля в конец индексов
aEremenko: Порядок полей в индексе для DAX 3.0, работает ли это в АХ 2009 не знаю.
3. Полное отключение разделения по компания скорее всего приведет к дополнительным проблемам с интеркампани, даже если он и выключен.