Не пойму причем там временные таблицы..
FacturJour_RU, FactureTrans_RU и markupTrans постоянны здесь.
X++:
// Header markups
while select factureJour
join RecId from factureTrans
join RecId from markupTrans
where factureJour.Module == module
Синхронизация этих таблиц не поможет?