2 - Вы не поняли. Рассматривайте каждую операцию, как отдельный производственный заказ (на самом деле, несколько производственных заказов). На выходе будет НЗП. Если правильно составите спецификацию, Аксапта автоматически свяжет эти заказы ссылками.
Вообще, до тех пор, пока вы явно не укажете, что во второй операции должен использоваться в качестве материала выход из первой, Аксапта и будет планировать их независимо. Она ж мыслей не читает